Я лично со своим ещё не летала, но есть опыт сестры и знакомых.
Деткам постарше объясняют, как надо зажать нос и попытаться сделать выдох "в уши", при этом давление выравнивается, и боль в ушах прекращается.
Деткам помладше капают сосудосуживающие капли, или просто аквамарис - они прочихиваются и им легчает. Дают сосать бутылку/соску/грудь. Еще иногда помогает рассмешить - у них от хохота, видимо, тоже ушки раскладывает :-)